O ústních podáních a o důležitých úkonech v řízení, zejména o provedených důkazech, o vyjádřeních účastníků řízení, o ústním jednání a o hlasování sepíše správní orgán protokol.

Z protokolu musí být zejména patrné, kdo, kde a kdy řízení prováděl, předmět řízení, které osoby se ho zúčastnily, jak řízení probíhalo, jaké návrhy byly podány a jaká opatření byla přijata; v protokolu o hlasování se uvede též výrok rozhodnutí a výsledek hlasování. Protokol podepisují po přečtení všechny osoby, které se jednání zúčastnily, a pracovník (člen) správního orgánu provádějícího řízení, protokol o hlasování všichni přítomní členové správního orgánu. Odepření podpisu, důvody tohoto odepření a námitky proti obsahu protokolu se v něm zaznamenají.